يعد Nagios XI عرضة لثغرة «التنفيذ عبر المواقع» (XSS) من خلال مكون «تقرير تخطيط السعة» (Capacity Planning Report). وقد يؤدي عدم وجود التحقق المناسب من صحة المدخلات أو عدم تطبيق إجراءات التهرب (escaping) بشكل صحيح إلى تمكين المهاجم من إدخال وتنفيذ نصوص برمجية تعسفية في متصفح المستخدم.